Una volta i Cardassiani erano un popolo spirituale e pacifista.  L'antica civiltà degli Hebiziani dominava il loro pianeta madre e le loro rovine sono tra le più rinomate di tutto il quadrante alfa. Ma Cardassia era povera di materie prime e risorse, milioni di persone morivano di fame e fu con l'ascesa al potere dei militari che le cose cambiarono. I nuovi leader scoprirono che prendere con la forza ciò che volevano era molto più semplice che tramite negoziazioni a lungo termine; così in poco tempo lo stato militare conquistò nuovi mondi rifornendo Cardassia di materie e risorse per sfamare la propria gente.

Nel corso delle continue conquiste militari le forze Cardassiane discesero sulla vicina Bajor. Avendo promesso supporto e aiuto, i Cardassiani invece annessero il pacifico pianeta nel 2328 ed iniziò così un'occupazione che durò 50 anni. Per poter facilitare le operazioni di estrazione di Iridio, del quale gli asteroidi del sistema erano ricchi, i Cardassiani costruirono una stazione spaziale, Terok Nor, in  orbita intorno al pianeta per poter meglio governare tutto il processo, dall'estrazione al prodotto finito; stabilirono anche una presenza stabile sul pianeta al quale imposero un governo di occupazione comandato da Gul Cardassiani. Parecchi bajoriani furono costretti a traslocare su altri mondi e la loro religione fu abolita. Molti bajoriani decisero che aspettare il volere dei Profeti non era abbastanza e si organizzarono in celle di resistenza che iniziarono una violenta guerra partigiana utilizzando tattiche di guerriglia e terrorismo. Questa inaspettata e violenta resistenza fece lentamente
cambiare idea ai governanti su Cardassia Primo.

Il Comando Centrale Cardassiano era convinto che fosse necessaria un'espansione dei territori così, nel 2350, i Cardassiani irruppero nello spazio della Federazione che ovviamente non stette a guardare. La guerra durò 15 anni e quando nel 2366 fu firmato un trattato, pochi nella Federazione credettero che i Cardassiani si fossero veramente ritirati, uno di questi era il capitano Benjamin Maxwell che violando il trattato e le direttive federali entrò in territorio Cardassiano e distrusse alcune navi da carico che portavano armi. L'intervento di Jean Luc Picard pose fine alle sue distruzioni e anche al riarmamento Cardassiano. Nel 2367 fu siglato un nuovo trattato riguardante i prigionieri di guerra nel quale veniva nominata una commissione neutrale per sovrintendere al trattamento dei prigionieri.

Dopo anni di interminabile attività terroristica, i Cardassiani, sotto la spinta del nuovo governo civile (il Consiglio Detapa), decisero di lasciare Bajor, così nel 2369 l'occupazione terminò con una frettolosa ritirata. Bajor indifesa e distrutta chiese aiuto alla Flotta Stellare che le diede l'amministrazione di Terok Nor, rinominata Deep Space Nine. I Cardassiani rimpiansero molto la loro ritirata quando nelle vicinanze di Bajor fu scoperto un tunnel spaziale stabile che dava accesso al quadrante gamma facendo diventare la loro stazione (riposizionata all'imbocco del tunnel) un punto strategico per spedizioni commerciali e scientifiche nel distante quadrante e più avanti un punto chiave nella difesa contro il Dominio. I Cardassiani cercarono di riappropriarsi della stazione più volte e quasi ci riuscirono quando un gruppo di Bajoriani estremisti, denominato il Cerchio, salì al potere con l'aiuto delle armi fornite dagli stessi Cardassiani ma furono fermati dal capitano Benjamin Sisko e dal suo equipaggio.

Nel 2370 la Federazione e l'Unione Cardassiana trovarono finalmente un accordo che stabilì gli esatti confini tra le due potenze e stabilirono una zona neutrale chiamata zona smilitarizzata. Il nuovo disegno dei confini portò molto scontento ai quei coloni che di colpo si ritrovarono in  territorio Cardassiano. Questi coloni decisi a non traslocare e arrabbiati per aver subito un torto si organizzarono in piccoli gruppi di terroristi in seguito denominatisi Maquis e iniziarono azioni di sabotaggio e distruzione nei confronti dell' "invasore" Cardassiano e a volte anche contro la Federazione stessa.

Con la salita al potere dell'esercito anche il servizio segreto militare, l'Ordine Ossidiano, acquistò importanza e sebbene per legge dipendesse dal Comando Centrale riuscì ad ottenere abbastanza potere da operare indipendentemente. Un terrorista maquis, Tom Riker, prese possesso in data stellare 48467.3 della Defiant, una potente nave della Federazione in forze su DS9, e mise a conoscenza sia la Federazione che il Comando Centrale di cantieri navali segreti dell'Ordine Ossidiano nel sistema Orias. Lo scopo di questa flotta fu rivelato quando l'Ordine Ossidiano unito alle forze della controparte romulana, la Tal Shiar, lanciò un attacco preventivo contro il pianeta natale dei mutaforma. Dopo il primo disastroso incontro con i Jem'hadar, il quadrante alfa era preoccupato di infiltrazioni mutaforma e la paura di un'invasione del Dominio aveva allarmato l'Ordine Ossidiano e la Tal Shiar che con 40 navi si lanciarono nel quadrante gamma sicuri di una gloriosa vittoria. Le flotte congiunte caddero invece in un'imboscata e furono spazzate via da 140 navi Jem'hadar, il risultato fu l'apparente eliminazione dell'Ordine Ossidiano.

All'inizio del 2372 i Klingon, con una flotta comandata dal generale Martok, si lanciarono alla conquista di Cardassia adducendo come motivazione presunte infiltrazioni di mutaforma nel Consiglio Detapa; Consiglio che fu messo in salvo dal ritrovato Gul Dukat. (Dukat era stato il Gul di Terok Nor negli ultimi anni dell'occupazione). Con l'aiuto della Federazione fu dimostrato che non c'erano mutaforma nel Consiglio Detapa e l'invasione Klingon fu fermata.
Sebbene senza successo, l'attacco Klingon mise a sedere la già debole economia Cardassiana, per la prima volta da secoli Cardassia non era più autosufficiente. Con l'aiuto della Federazione, la quale tra l'altro fornì 12 replicatori industriali (anche se qualcuno fu rubato dai Maquis durante il trasporto), Cardassia iniziò la ricostruzione ma nonostante tutto alcune delle colonie di confine rimasero sotto il controllo Klingon.

Addolorato per lo stato di debolezza nel quale era caduta Cardassia e risentito dalla prepotenza dei Klingon, Gul Dukat iniziò dei negoziati segreti per formare un'alleanza con il Dominio. Così nel 2373 in data stellare 50560.1 aiutato da una flotta di navi Jem'hadar, Dukat fece un colpo di stato e annunciò l'alleanza di Cardassia con il Dominio e la sua nuova posizione come capo dello stato.

 Il suo discorso alla nazione fu il seguente:
"Dovreste chiedervi, dovremmo aver paura ad unirci al Dominio? E io vi rispondo: per niente. Dovremmo far nostra l'opportunità. Il Dominio ci riconosce per ciò che siamo, i veri leader del Quadrante Alfa. Ed ora che siamo uniti, alleati alla pari in tutto, gli unici che avranno qualcosa da temere saranno i nostri nemici. Il compleanno di mio figlio maggiore è tra 5 giorni. A lui e a ogni Cardassiano faccio il seguente giuramento: prima che il giorno del suo compleanno finisca, non ci sarà un singolo klingon vivo nel territorio cardassiano o una singola colonia maquis nei nostri confini. Cardassia sarà riunificata, tutto ciò che abbiamo perso sarà di nuovo nostro. E chiunque sarà sulla nostra strada verrà distrutto. Questo ve lo prometto col mio sangue, per mio figlio, per tutti i nostri figli."

Cinque giorni dopo il colpo di stato i maquis furono sommariamente massacrati e i Klingon rimossi dal territorio da flotte di navi Jem'hadar che continuavano a fluire attraverso il tunnel. La presenza del Dominio nel quadrante alfa si faceva sempre più massiccia e la paura di un'invasione si faceva sempre più reale. La Federazione decise così di minare l'imbocco del tunnel per frenare l'ingresso del nemico e una cruenta guerra ebbe inizio. Subito una massiccia flotta Cardassia\Dominio attaccò Deep Space Nine conquistandola ma il campo minato formato da mine autoreplicanti bloccò una massiccia e veloce invasione dello spazio federale. I Jem'hadar che aspettavano i rinforzi conquistarono zone di confine e ciò avveniva con grandi perdite da parte della Federazione e dei Klingon.
Quando Glinn Damar, il braccio destro di Dukat, trovò un modo per disattivare il campo minato, 2800 navi Jem'hadar che aspettavano dall'altra parte del tunnel ne iniziarono l'attraversamento, ma non giunsero mai nel quadrante alfa grazie all'aiuto dei Profeti, gli alieni abitanti e costruttori del tunnel, che le distrussero tutte. Così l'indebolita flotta Dominio/Cardassiana dovette ritirarsi in attesa di nuovi rinforzi e la Federazione riprese il possesso di Deep Space Nine. Dukat che già assaporava il gusto della vittoria non riuscì a credere ad una tale sconfitta e la situazione, peggiorata dall'uccisione della figlia Ziyal sotto i suoi occhi, lo portò ad un esaurimento nervoso dal quale non si riprese più.

Damar, da poco promosso Gul, fu nominato nuovo capo di stato (e Legato) ma non era altro che un fantoccio nelle mani del Dominio e del suo rappresentante, il vorta Weyoun.

I Romulani, che avevano siglato un patto di non aggressione con il Dominio, furono "costretti" ad entrare in guerra con un sotterfugio e la rinforzata flotta alleata iniziò ad avere significative vittorie contro Cardassia ed il Dominio.
L'impazzito Gul Dukat, dopo essere scappato alle forze federali, si fece rivedere su Deep Space Nine dove distrusse il sacro Cristallo della Profezia che portò al collasso del tunnel spaziale mandando nel panico i bajoriani. Tre mesi più tardi Sisko riaprì il tunnel trovando l'antico Cristallo dell'Emissario. Dopo alcune vittorie federali le fortune della guerra tornarono a favore del Dominio soprattutto grazie alla nuova alleanza con i Breen che possedevano una nuova potente arma capace di togliere energia alle navi nemiche.
Questa nuova alleanza e la consapevolezza di non contare più niente per il Dominio iniziò ad allarmare i Cardassiani e specialmente Damar, che si organizzò ed iniziò un movimento di rivolta e resistenza.
Il suo discorso alla nazione fu il seguente:
"I Cardassiani non hanno mai avuto paura della guerra, un fatto che abbiamo dimostrato nel tempo e di nuovo durante questi ultimi due anni. 7 milioni dei nostri coraggiosi soldati hanno dato la loro vita per adempiere alla nostra parte dell'accordo, e cosa ha dato il Dominio in cambio? Niente. Non abbiamo guadagnato nuovi territori, in effetti la nostra influenza nel Quadrante è diminuita. Quel che è peggio è che non siamo neanche più padroni a casa nostra. Viaggiate ovunque per Cardassia e cosa trovate? Jem'Hadar, Vorta e ora i Breen. Invece che essere invasori siamo stati invasi.
I nostri alleati ci hanno conquistati senza sparare un solo colpo. Bene, non più.
Questa mattina, distaccamenti del Primo, Terzo e Nono Ordine Cardassiano hanno attaccato gli avamposti del Dominio su Rondack 3. Questo assalto delinea il primo passo verso la liberazione della nostra patria dai veri oppressori del Quadrante Alfa.
Faccio appello ai Cardassiani ovunque voi siate - Resistete. Resistete oggi. Resistete domani. Resistete finché anche l'ultimo soldato del Dominio sarà stato cacciato dalla nostra terra."

La nuova alleanza Dominio/Breen dovette combattere anche sul fronte interno e questo aiutò le forze alleate a riprendere fiato e a sviluppare una difesa contro la potente arma dei Breen. I mutaforma molto indeboliti da un virus capace di ucciderli e arrabbiati da questo voltafaccia dei Cardassiani ordinarono la completa distruzione di Cardassia e di tutti i Cardassiani. Le celle di resistenza furono massacrate ma Damar, grazie all'aiuto di Kira e Garak, riuscì ad entrare nel palazzo del governo. Damar fu ucciso ma il gruppo riuscì a catturare la mutaforma in comando delle forze del Dominio che non poté fare altro che arrendersi, anche perché una flotta di navi Federali/Klingon/Romulane era ormai alle porte di Cardassia Primo. Cardassia era finalmente libera dall'invasore ma 850 milioni di morti e Cardassia Primo completamente distrutto lasciavano una fiera ed orgogliosa civiltà sull'orlo della disperazione.